在无尽的拉格朗日中销毁飞船需要进入舰队管理界面，通过特定操作流程完成。首先打开游戏主界面下方的舰队按钮，进入舰队管理后可以看到当前所有飞船列表，根据级别、类型筛选出需要销毁的目标。选中目标飞船后，信息界面会出现销毁或拆解按钮，不同版本可能位置略有差异，点击后系统会显示可回收资源清单，确认后即可完成销毁。需要注意的是刚参与战斗的飞船存在冷却期，必须等待冷却结束后才能操作。
销毁飞船会永久清除该单位并回收部分资源，但无法挽回已投入的升级改造费用。操作前务必确认飞船未编入任何舰队，否则需要先执行移除操作。稀有度较高的飞船销毁后可能获得更丰富的资源回报，包括模组和设计图等特殊素材，这些对后续飞船研发升级具有重要价值。工程类飞船与战斗飞船的销毁机制基本相同，但回收资源类型会根据飞船功能有所区别。
游戏存在两种处理废弃飞船的方式，拆解可获得模组和设计图，而出售仅能获取普通资源。选择处理方式时需要根据当前游戏进度和资源需求权衡，若急需技术类素材则优先选择拆解。部分通过活动或成就获取的特殊飞船销毁后可能无法重新获得，这类飞船建议保留至少一艘作为收藏。销毁操作不可逆，建议在舰队空间接近满载时再考虑处理低效飞船。
飞船销毁功能的合理运用是舰队管理的重要环节，既能优化指挥值利用率，又能循环利用资源。操作时需综合评估飞船的当前战力、维护成本以及替代型号的获取难度，避免因短期资源需求损失战略价值。游戏后期随着舰队规模扩大，定期清理低等级飞船将成为维持战斗效率的常规操作，但每次销毁都应谨慎确认系统提示的回收清单。
